Gesellschaft fr Informatik e.V.

Lecture Notes in Informatics


Datenbanksysteme in Business, Technologie und Web, 11. Fachtagung des GIFachbereichs “Datenbanken und Informationssysteme” (DBIS), 2.-4. März 2005 Karlsruhe. GI 2005 P-65, 345-364 (2005).

GI, Gesellschaft für Informatik, Bonn
2005


Editors

Gottfried Vossen, Frank Leymann, Peter Lockemann, Wolffried Stucky (eds.)


Copyright © GI, Gesellschaft für Informatik, Bonn

Contents

Hybride Integration von molekularbiologischen Annotationsdaten

Christine Körner , Toralf Kirsten , Hong-Hai Do and Erhard Rahm

Abstract


Wir präsentieren einen Ansatz, um Annotationsdaten von molekularbiologischen Objekten wie Genen, Proteinen und Pathways aus öffentlichen Datenquellen für datenintensive Expressionsanalysen verwendbar zu machen. Die Ex- pressionsdaten sind mit Experimentbeschreibungen physisch in einem Data Warehouse integriert, um schnelle Auswertungen zu unterstützen. Die öffentlichen An- notationsdaten werden virtuell über einen Mediatoransatz integriert und bedarfsgesteuert für Analysen abgerufen. Für die einheitliche Anbindung der Datenquellen wird das verbreitete Tool SRS (Sequence Retrieval System) der Fa. LION bioscience genutzt. Die Kopplung zwischen dem Warehouse und SRS erfolgt über einen Query-Mediator unter Nutzung explizit gespeicherter Beziehungen (Mappings) zwischen den Instanzen der öffentlichen Datenquellen. Dieser hybride In- tegrationsansatz wurde als Erweiterung des Leipziger Data Warehouse für Genexpressionsdaten (http://www.izbi.de/GEWARE) implementiert und wird für die Einbindung von GeneOntology, LocusLink und Ensemble in Analysen eingesetzt. Neben der Darstellung des Integrationskonzepts und seiner Realisierung werden auch Ergebnisse erster Performanzmessungen präsentiert.


Full Text: PDF

GI, Gesellschaft für Informatik, Bonn
ISBN 3-885794-6


Last changed 24.01.2012 21:50:13