Gesellschaft fŘr Informatik e.V.

Lecture Notes in Informatics


Datenbanksysteme in Business, Technologie und Web, 11. Fachtagung des GIFachbereichs ÔÇťDatenbanken und InformationssystemeÔÇŁ (DBIS), 2.-4. M├Ąrz 2005 Karlsruhe. GI 2005 P-65, 345-364 (2005).

GI, Gesellschaft f├╝r Informatik, Bonn
2005


Editors

Gottfried Vossen, Frank Leymann, Peter Lockemann, Wolffried Stucky (eds.)


Copyright © GI, Gesellschaft f├╝r Informatik, Bonn

Contents

Hybride Integration von molekularbiologischen Annotationsdaten

Christine K├Ârner , Toralf Kirsten , Hong-Hai Do and Erhard Rahm

Abstract


Wir pr├Ąsentieren einen Ansatz, um Annotationsdaten von molekularbiologischen Objekten wie Genen, Proteinen und Pathways aus ├Âffentlichen Datenquellen f├╝r datenintensive Expressionsanalysen verwendbar zu machen. Die Ex- pressionsdaten sind mit Experimentbeschreibungen physisch in einem Data Warehouse integriert, um schnelle Auswertungen zu unterst├╝tzen. Die ├Âffentlichen An- notationsdaten werden virtuell ├╝ber einen Mediatoransatz integriert und bedarfsgesteuert f├╝r Analysen abgerufen. F├╝r die einheitliche Anbindung der Datenquellen wird das verbreitete Tool SRS (Sequence Retrieval System) der Fa. LION bioscience genutzt. Die Kopplung zwischen dem Warehouse und SRS erfolgt ├╝ber einen Query-Mediator unter Nutzung explizit gespeicherter Beziehungen (Mappings) zwischen den Instanzen der ├Âffentlichen Datenquellen. Dieser hybride In- tegrationsansatz wurde als Erweiterung des Leipziger Data Warehouse f├╝r Genexpressionsdaten (http://www.izbi.de/GEWARE) implementiert und wird f├╝r die Einbindung von GeneOntology, LocusLink und Ensemble in Analysen eingesetzt. Neben der Darstellung des Integrationskonzepts und seiner Realisierung werden auch Ergebnisse erster Performanzmessungen pr├Ąsentiert.


Full Text: PDF

GI, Gesellschaft f├╝r Informatik, Bonn
ISBN 3-885794-6


Last changed 24.01.2012 21:50:13